通关主线剧情后，玩家可以解锁多种传说妖怪，这些妖怪通常需要通过完成特定任务、携带特殊道具或触发隐藏剧情来出现。在口袋妖怪金银中，传说妖怪的解锁机制与游戏进程紧密相关，许多强大的宝可梦如炎帝、雷皇和水君会在通关后变得可追踪，而其他神兽则需要满足额外条件如完成图鉴或参与特殊事件。玩家需要耐心探索城都地区和关东地区的各个地点，并留意剧情提示，才能逐步揭开这些传说妖怪的出现方式。
炎帝、雷皇和水君这三只传说妖怪在通关后可以通过解开圆珠市烧焦塔的封印来释放，之后它们会在城都地区的特定地点随机出现或按顺序出现。炎帝和雷皇在释放后会开始在区域内游荡，等级为40级，遇见时它们会立即逃跑，玩家需要多次追踪才能再次相遇；水君则按照固定顺序出现在湛蓝市海滩、42号道路中段、枯叶市岸边、14号道路右侧水中和25号道路正辉家附近，最终地点才会与玩家战斗。捕捉这些妖怪时，建议使用状态异常技能如睡眠或麻痹效果来降低其逃脱概率，并携带具有防止逃跑特性的宝可梦以提高成功率。
除了三圣兽，玩家还可以通过携带特定道具并完成图鉴来解锁其他传说妖怪，例如叉耳朵皮丘和三大空间神兽。携带2009年剧场版赠送的闪光皮丘并前往桐树林的神社进行调查，可以触发叉耳朵皮丘加入队伍的剧情；携带阿尔塞罗斯并完成全国图鉴后，在阿鲁夫遗迹的民宅中触发剧情，会被传送到新都遗迹，从而解锁三大空间神兽帕路基亚、迪亚路加或奇拉蒂娜的捕捉机会。这些妖怪的解锁往往依赖于道具的获取和图鉴的完成度，玩家需要提前准备好相应的物品。
水都兄妹的解锁涉及在剧情中遇到大吾并追踪水都的踪迹，通常在为山吹市的小妹妹寻找车票时从口袋妖怪俱乐部拿到一个娃娃，离开时会遇到方缘地区的冠军大吾，他会展示水都的照片并触发追踪事件。金心版本代表红色水都，银魂版本代表蓝色水都，玩家需要根据版本差异来定位和捕捉它们。捕捉传说妖怪时，合理使用精灵球如高级球或特殊球类，并利用环境因素如天气或地形变化，可以进一步增加捕捉效率。
解锁传说妖怪需要玩家综合运用剧情推进、道具收集和战斗策略，通关后的游戏内容提供了丰富的探索机会。通过仔细跟踪提示和充分利用游戏机制，玩家可以逐步收集这些稀有宝可梦，增强队伍实力并深入体验口袋妖怪金银的后续冒险。
